Generals diễn ra trong tương lai gần, với việc người chơi có thể lựa chọn trong ba phe phái để chơi. Trong Generals, Mỹ và Trung Quốc là hai siêu cường trên thế giới, và là những mục tiêu tấn công của Global Liberation Army hay còn gọi là GLA, một tổ chức khủng bố hoạt động như một lực lượng cuồng tín bán quân sự. Mỹ và Trung Quốc được mô tả như là đồng minh, và thường xuyên hợp tác với nhau trong suốt cốt truyện chống lại Global Liberation Army, được mô tả như một tổ chức không biên giới có mặt ở khắp nơi. Cả ba phe tham gia vào một cuộc chiến tranh tương tự như cuộc chiến chống khủng bố ngoài đời thực.

Người chơi có thể chơi của ba phe theo thứ tự bất kỳ, với chiến dịch của mỗi bên bao gồm 7 nhiệm vụ. Cốt truyện diễn ra bắt đầu bởi Trung Quốc trước, sau đó là GLA, và cuối cùng là Mỹ. Theo đó, Trung Quốc trả đũa cuộc tấn công hạt nhân GLA tàn phá Bắc Kinh, phá hủy đập Tam Hiệp, sử dụng kho vũ khí hạt nhân của Trung Quốc và cuối cùng hoàn toàn nghiền nát lực lượng GLA hoạt động ở bờ biển Thái Bình Dương. Chiến dịch GLA sau đó bắt đầu, với việc tổ chức cố gắng phục hồi từ thất bại trong tay người Trung Quốc bằng cách gây quỹ và xúi giục các cuộc tấn công chống lại Mỹ và Trung Quốc với đỉnh cao cuối cùng là đánh chiếm sân bay vũ trụ Baikonur và bắn tên lửa Soyuz mang đầu đạn sinh học vào một thành phố không tên. Tại thời điểm này chiến dịch Mỹ bắt đầu trong đó phe này tấn công GLA trên nhiều địa phương, bao gồm Baghdad và biển Caspian, trước khi đánh bại đánh bại một viên tướng Trung Quốc nổi loạn hỗ trợ GLA và tiêu diệt căn cứ hoạt động của họ ở thủ đô Astana của Kazakhstan.

Câu chuyện của Generals được tiếp tục trong bản mở rộng Command & Conquer: Generals – Zero Hour theo đó Hoa Kỳ chiếm lại Baikonur, GLA tấn công bờ Tây nước Mỹ, dẫn đến cuộc rút lui của các lực lượng Mỹ ở Châu Âu, tiếp theo là cuộc xâm lược của GLA vào châu Âu, và cuối cùng là Trung Quốc đánh bại GLA và nắm bắt cơ hội để nổi lên như một siêu cường.